Calcular el coeficiente de clase Intra para todos combinación de columna en R

votos
1

Me gustaría tener un poco de ayuda ejemplo / muestra cómo calcular ICC para una combinación de variables en R.

Para ex A continuación se muestra de datos: - muestra

Ahora lo que quiero hacer búsqueda exhaustiva de todas las combinaciones de genes (2 columnas son los nombres de genes) y respectiva CPI, a continuación, durante 3 combinación de genes, a continuación, para cuatro. Post que quiero enumerar los valores WRT ICC combinación ordenados

La salida sería algo como esto

Salida

He tratado de hacer lo mismo mediante el siguiente código, pero estoy luchando para trabajar esta búsqueda y combinación exhaustiva cosa

mat1 <- as.matrix(lmm_1[,1:10])
icc(mat1, model = c(t),r0 = 0,conf.level = 0.95)
icc(lmer( YWHAZ~ ., data = mat1))

Mi estructura de trama de datos lmm_1 es la siguiente, por favor ayuda en este

structure(list(`HKG1 (18S)` = c(140922.090379318, 114050.66128233, 
231970.660810084), `HKG2 (GAPDH)` = c(5821646.94272285, 4054004.07527754, 
8279934.32892469), `HKG3 (ACTB)` = c(513559.47728841, 682673.286801917, 
890579.00053991), `HKG4 (HMBS)` = c(963904.825829829, 1298738.62059259, 
2091567.68645239), `HKG5 (HPRT)` = c(5508533.08283376, 5516876.07150713, 
10236502.8076606), `HKG6 (SDHA)` = c(115259.913117015, 127680.131645604, 
260533.935040935), `HKG7 (PABPN1)` = c(1483557.685172, 1212117.22511327, 
1823406.16115662), `HKG8 (TBP)` = c(1835256.87785655, 1633084.68373014, 
2478000.07992693), `HKG9 (YWHAG` = c(5892446.87038693, 6039118.46057885, 
11746762.2003624), `HKG10 (YWHAZ )` = c(250987.289730308, 250536.411475335, 
814508.745534441), Group = structure(c(1L, 1L, 1L), .Label = c(1, 
2, 3, 4, 5, 6), class = factor), ID = c(1, 2, 3)), row.names = c(NA, 
3L), class = data.frame)
Publicado el 02/09/2018 a las 05:41
fuente por usuario
En otros idiomas...                            


1 respuestas

votos
1

Aquí hay un ejemplo de código rápida que podría ayudar (el segundo ejemplo). https://www.kaggle.com/rtatman/intraclass-correlation-coefficients-example/

Respondida el 06/09/2018 a las 00:17
fuente por usuario

Cookies help us deliver our services. By using our services, you agree to our use of cookies. Learn more